Le site sur lequel est bâti Ortaffa est un site préhistorique. De nos jours des fouilles ont été entreprises au Serrat-Gros et il en est ressorti un site d'habitat du néolithique ancien (-9000 à -6000). Cette époque était caractérisée par la maîtrise de la poterie, et c'est bien sûr de tel fragments que l'on a retrouvé.

Mais il a également été retrouvé des restes de périodes plus récentes, la plus caractéristique étant le néolithique moyen (-4000). L'agriculture s'étant développée, c'est une meule qui a été retrouvée au Serrat-Gros. Cette meule représente la plus ancienne preuve d'activité agricole dans le département, avec toutefois celle retrouvée au Grau de Leucate (pas dans le Roussillon, mais vraiment pas loin...). Ce Grau, (lande de terre proche d'un étang ou de la mer) fut recouvert par les eaux de l'étang au cours des 6000 ans qui ont suivi, ce qui fait que le site est sous les eaux de nos jours.

La première église d'Ortaffa, dédiée à Ste Eugénie, apparaît dans les textes en 1145. De style roman, elle existe toujours de nos jours, se trouvant dans l'enceinte du cimetière. Elle est composée d'une nef unique et d'une abside semi-circulaire dont le chevet est animé d'arcatures aveugles. La voûte est en plein cintre sur arcs doubleaux.

Ortaffa était une seigneurie de grande importance, la famille d'Ortaffa a rayonné dans toute la région à des époques diverses. D'ailleurs au XIVe siècle nous avons la preuve qu'il y avait un château dont la tour et l'enceinte, toujours debout, a été transformé en maisons particulières.

1499 est l'année de décès de Pierre d'Ortaffa. Celui ci était gouverneur des comtés du Roussillon et de Cerdagne, charge importante qui fut également l'apanage de la Famille Oms.